Yayasan YARSI didirikan pada tanggal 11 April 1967 bertepatan dengan 1 Muharram 1387 H. Pada awalnya hanya memfokuskan pada sumber daya muslim pada lapangan medik atau kesehatan yang pada waktu itu masih sangat jarang. Situasi ini tergambarkan pada tahun 1967, dimana pada saat itu tidak ada rumah sakit muslim atau institut kedokteran muslim di Jakarta.

Oleh sebab diatas, pada tanggal 15 April 1967, Yayasan YARSI membentuk Perguruan Tinggi Kedokteran YARSI dimana pada tahun 1969 sesuai dengan UU no. 22 thn 1961, dirubah menjadi Sekolah Tinggi Kedokteran YARSI.

Dengan prestasi YARSI sebagai sekolah kedokteran, kemudian para pendiri memutuskan untuk membuat fakultas baru di Universitas YARSI. Sesuai dengan rencana pengembangan Universitas YARSi 1988/1989 - 1998/1999 tiga fakultas baru dibentuk, antara lain : Fakultas Hukum, Fakultas Ekonomi, dan Fakultas Teknologi Informasi.

YARSI sebagai sekolah kedokteran, sekarang telah berubah menjadi Fakultas Kedokteran di dalam bagian dari Universitas YARSI bersama tiga fakultas yang lain.

Yayasan YARSI didirikan oleh :

1. H. Ali Akbar, dr. (Alm)
2. H. Asri Rasad, Prof., dr., MSc, PhD.  (Alm)
3. H. Jurnalis Uddin, Prof., dr., PAK.
4. Drs. Maksum Saleh Nasution (Alm)
5. H. Malimar Soeloet, drs., B.Sc.(Alm)
6. Jahja Entino Wirjatmo
7. Abdul Karim Oey (Alm)